Windowsサーバーでも動作しますが、注意が必要です。

CGI自体はPerlがインストールされていれば動作します。
しかしながら、Windowsサーバーではsedmailが使用出来ませんのでメールの送信が出来ません。
また、ベーシック認証によるアクセス制限も出来ません。

■sendmailについて
sendmailはCGIからメールを送信する時に使用しますので、sendmailが使用出来なければCGIからメールを送信する事は出来ません。

ただし、sendmailの代わりに、sendmaiに準じたソフトがインストールされている場合、メールの送信が出来る可能性もあります。
例えば、サーバーのQ&Aや説明が

sendmailのパスは下記のように設定して下さい。
$sendmail='c:\sendm\sendmane.exe';

のような場合、管理画面のsendmailの設定部分に

c:\sendm\sendmane.exe

と設定するとメールも送信される可能性があります。

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■アクセス制限について
データファイルのセキュリティにもご注意願います。
Windowsサーバーの場合、ベーシック認証によるアクセス制限が出来ませんので、管理者の設定内容や注文情報などのデータファイルが閲覧可能になり、WEB上に公開されている可能性が高いです。

アクセスが制限されていない場合、ブラウザのURL欄に「data/**.dat」のようにファイルのURLを記述してEnterを押すとブラウザにデータの内容が表示されてしまいます。
このようなセキュリティの問題を解決するため、CGIが使用しているデータファイルにアクセス制限をかける必要があります。
アクセス制限は、サーバーのコントロールパネルから設定出来るようになっているサーバーも多いですが、詳しくはサーバー管理者の方にお問い合わせ頂ければ幸いです。

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■ChamaCargo等のダウンロード機能について
注文情報などをCSVファイルでダウンロードする機能のように、管理画面からベーシック認証を設定する機能は使用出来ません。
ベーシック認証が使用出来ないので、サーバー側でアクセス制限を行い、FTP等でダウンロードして下さい。