下記の手順でバージョンアップを行うことが出来ます。

１．バックアップを取ります。
FTPソフトで全てのファイルをダウンロードします。

２．「data」内のデータファイルを追加します。
新バージョンとサーバー内の「data」フォルダ内のファイルを比較し、サーバー内に不足しているファイルを転送します。
転送したファイルのアクセス権を設定します。

３．全てのCGIファイルを入れ替えます。
FTPソフトで転送します。
追加されたCGIファイルはアクセス権を設定します。

４．動作を確認します。

以上です。
お試し頂ければ幸いです。
よろしくお願い致します。