下記の方法で対応可能です。

バージョンアップ版は使用中のデータを消すことも無く、そのまま上書きするとバージョンアップできるように作成していますし、バージョンアップに関連したファイルだけが入っていますので、安全にバージョンアップを行うことが可能です。
しかしながら、通常版は全ての初期値のデータが入ったファイルになっていますので、バージョンアップ版ではなく、通常版で上書きすると全てのデータが初期値に戻ってしまいます。
既存のデータが消えてしまうことの無いよう、必ずバックアップを行なってから作業を行なって下さい。

バージョンアップ方法は下記のとおりです。

１．運用中のCGIファイルやデータファイルの全てをFTPでバックアップを取る

２．最新の通常版をダウンロード、解凍する

３．解凍した全てのCGIファイル（拡張子が「.cgi」）のファイルをFTPで転送しする。

４．サーバー内の「def」ディレクトリ内とダウンロード・解凍した「def」ディレクトリ内のファイルを比較し、サーバー内に不足しているファイルのみFTPでサーバーに転送する。

５．サーバー内のフォルダとダウンロード・解凍したディレクトリ構造を比較し、サーバー内に不足しているファイルやフォルダをサーバーに転送する

６．４〜５で追加したファイル、フォルダのアクセス権を設定する

７．管理画面に入室し、「?．初期設定メニュー」の全ての設定を行う。 「１．基本情報の変更」から全ての項目に入室し、変更点が無くても、必ず１度は「送信」ボタンを押す。（送信ボタンを押すことで旧データファイルがバージョンアップされるものがあります）

８．注文、メール送信などの動作確認、セキュリティ上の問題などを確認する。

９．その他、バージョンアップの際に管理画面からHTMLタグなどを追加する必要がある場合もありますので、過去のバージョンアップ方法を閲覧し、管理画面の設定方法などが掲載されていれば実行します。