FTPソフトで設定します。

FFFTPなどのFTPソフトでは、左側にPC内のディレクトリ構造が表示され、右側にサーバー内のディレクトリ構造が表示されるようになっています。
CGIファイル等をサーバーに転送すると、右側にCGIファイル等が表示されるようになります。
右側のファイルやフォルダなどを右クリックすると、「属性の変更」や「アクセス権の変更」といったメニューが表示されますので、このメニューから設定します。

　アクセス権はサーバー環境とCGIの動作によって異なりますので、弊社ではご案内出来ませんが、下記の設定で動作する場合が多いです。

よくあるパターン	パターン１	パターン２	パターン３
ディレクトリ	755	757	757(777)
データファイル（○○.datや○○.csv）	600	644	646
ＣＧＩファイル（○○.cgi）	700	755	755
画像（○○.gif）	644	644	644
ロックファイル（data.lock）	600	644	646
日本語変換ライブラリ（jcode.pl）	600	644	646

なお、サーバー内のファイルやフォルダを選択する際に、CtrlキーやShiftキーを押しながら選択すると複数のファイルのアクセス権を一度に設定することが出来ます。