FTPソフトを使用して転送します。

FFFTP（フリーソフト）やホームページ製作ソフトに付いているFTPソフト（ファイル転送ソフト）を使用して転送します。
（FFFTPはこちらです）

FTPソフトを設定し、サーバーに接続します。
転送先はサーバーによって異なりますが、CGIが動作するフォルダ内に転送します。
設置場所につきましてはサーバー管理者の方にお問合せ願います。
転送後、FTPソフトでアクセス権の設定を行うとCGIが動作するようになります。