基本情報の設定でHTMLヘッダーに追記すると良いです

基本情報の「（9）HTMLヘッダー」が設定されている場合、このHTMLヘッダーが表示されますので、外部ファイルを登録してもタグは表示されません。
「（9）HTMLヘッダー」を全て削除し、空欄にするか、

<title>%TITLE%</title>

の下に

<LINK rel="stylesheet" href="・・・外部CSSのURL・・・" type="text/css">

のように追記して頂ければ幸いです。
よろしくお願い致します。