テンプレートとCSSを編集すると良いです

標準では「合格証書」のボタンのclassは「BLINK」、「再チャレンジ」のボタンのclassは「START」になっていますが、「2-10.完了画面（クリア成功）の編集」の画面の

%CERTIFICATEPDF%

を

<P id="LASTBTN">
%CERTIFICATEPDF%
</P>

のように修正し、「2-1.スマホ用スタイルシートの編集」に

#LASTBTN A {
変更後のCSS
}
#LASTBTN A:hover {
変更後のhoverのCSS
}

を追記すると、デザインを変更出来ます。

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その他、HTMLでボタンを記述する方法もあります。
「2-10.完了画面（クリア成功）の編集」から編集出来るようになっていますので

合格証書
<A class="○○" href="certificate.cgi?cono=%NO%&mode=pdf">合格証書</A>

再チャレンジ
<A class="△△" href="iquest.cgi?no=%NO%">再チャレンジ</A>

のようにボタンをHTMLタグで記述し、「○○」と「△△」の部分をCSSで指定すると、自由なボタンで表示出来ます。