概要は下記のようになります。

バージョンアップ方法の概要は下記のようになります。

バージョンアップの内容によって作業が異なりますので、必ずバージョンアップ方法のページを読んでから作業を行います。

ダウンロードファイルには、標準版とバージョンアップ用の２種類があります。 標準版は全てのデータファイルが入っていますので、バージョンアップ時に使用すると、設定内容が初期化されてしまいます。
必ずバージョンアップ用をダウンロードし、解凍しなければなりません。

解凍には、解凍ソフトが必要です。
LHACAなどのフリーソフトで構いません。

解凍すると、CGIファイルやフォルダが作成されます。
これらのファイル等をFTPソフトでサーバーに転送します。
FTPソフトはFFFTPのようなフリーソフトやホームページビルダーについているファイル転送などが使用できます。

サーバーに転送したファイルは、サーバーによって異なりますが、アクセス権を設定しなければ動作しない場合があります。
大半のサーバーでCGIファイルはアクセス権を設定しなければなりません。
データファイルやフォルダのアクセス権を設定するかどうかはサーバーによって異なります。
また、どのようなアクセス権に設定するのかもサーバーによって異なります。
ただし、既に設置されているCGIがありますので、設定済みのCGIファイルやデータファイルのアクセス権に合わせれば良いです。

アクセス権の設定方法は下記又はFTPソフトの使用方法を参考にして頂ければ幸いです。
アクセス権の設定方法

なお、バージョンアップ作業の前に、FTPソフトでサーバー内の全てのファイルをダウンロードし、バックアップを取っておく事を強くお勧め致します。

以上が主な作業手順になります。
その他、バージョンアップ方法の説明ページに個別の作業等もありますので、参考にして頂ければ幸いです。