原因はさまざまですが、ＣＧＩが動作しない場所に設置したり、アクセス権の設定に問題がある場合が多いです。

まず、下記の２点を調べます。

１．独自CGIが動作するサーバーかどうかを確認します。
　次に、CGIが動作する場所に設置しているかどうか確認します。

２．アクセス権を確認します。
　アクセス権はサーバー環境とCGIの動作によって異なります。

よくあるパターン	パターン１	パターン２	パターン３
ディレクトリ	755	757	757(777)
データファイル（○○.datや○○.csv）	600	644	646
ＣＧＩファイル（○○.cgi）	700	755	755
画像（○○.gif）	644	644	644
ロックファイル（data.lock）	600	644	646
日本語変換ライブラリ（jcode.pl）	600	644	646

上記２点のほか、ＣＧＩが動作しない場合、下記ページが参考になります。
→ＣＧＩが動かない